Java3Dでの透明度設定

Geometryの透明度設定は、

  • ShapeにAppearenceを追加、そこにTransparencyAttributeを加える
  • 頂点ごと(per-vertex)に指定する。BY_REFならば配列かJ3DBuffer

で、両方指定の場合は後者が優先されるはずです。
アルファの値はTransparencyAttributeでは1が完全に透明ですが、per-vertexの場合は逆で0が完全に透明です。Appearenceでアンチエイリアスを指定しないと、細い物体はうまく重なって見えないことがあります。