astec-xでJavaアプリケーションのウィンドウバーが消える

対処法がちゃんとFAQにありました：
http://www.astec-x.com/FAQ/java_wm.html

ASTEC-X のコントロールパネルの [マルチウィンドウモード] パネルにある [内蔵ウインドウマネージャのみを使用する] を有効にしてください。

だそうです。